A Pastoral Escolar, identificada na escola como Pastoral da Barão, é exercida em tempo integral por um Pastor da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil, sob a orientação da Rede Sinodal de Educação. Tem a escola como seu campo de trabalho, reconhecendo ser ele um ambiente pluriconfessional e multicultural. Na escola exerce a poimênica e colabora na reflexão teológico-pedagógica, cabendo-lhe também o estreitamento de vínculos com a comunidade. Tem como compromisso auxiliar no cumprimento da missão, dos princípios e dos objetivos da escola, juntamente com a equipe pedagógica, sendo a voz pastoral que envolve tanto a dimensão de reconciliação e de anúncio quanto à profética.”
A logomarca da Pastoral Escolar quer realçar a atividade acima proposta e que perpassa todas as demais atividades agregadas a ela como:
a) Poimênica – Estar a disposição para ouvir professores, alunos e familiares de professores e alunos, em suas dificuldades e dúvidas, bem como acompanhá-los em situações de luto.
b) Mensagens – Elaborar e apresentar mensagens diárias para toda escola, para momentos especiais de reuniões e encontros de professores, grupos, pais e outros. Inclui-se o Culto mensal da Escola Barão.
c) Visitas – Realizar visitas a alunos, professores e familiares, em caso de enfermidade, acidente ou outra necessidade especial, seja nos hospitais, clínicas ou residências.
d) Equipe pedagógica – Participar das reuniões pedagógicas e contribuir com a reflexão teológico-luterana na prática pedagógica na Escola Barão.
e) Representação – Representar a Escola Barão junto das comunidades locais e instituições da IECLB.